"Отказавшись от одного из массивов, и снизив тем самым количество задействованных переменных, облегчили компилятору жизнь. " Может проблемы из-за страничной организации памяти и когда массив "перелазит" на другую страницу (а компилятору пофиг) и начинаются фокусы.