Как я уже писал в посте 8 нужно соблюдать некоторую последовательность для обработчика прерывания. Тогда все пойдет по сценарию. Первое. Ловим в обработчике источник прерывания . В данном случае TMR1. Если произошло прерывание от TMR1, первым делом сбросили флаг прерывания, обновили значение таймера(что бы начался новый отсчет) а после уже выполнять все действия сложения(вычитания) какие требуются программе.