После установки Протона нужно заменить файлик ProtonIDE.exe в папке C:\Program Files\ProtonIDE соответствующим "вылеченным" и также файлики PrPlus.exe и App.exe в папке C:\Program Files\ProtonIDE\PDS. Они все есть у меня в папке Proton. Вместе с установочным Proton Compiler Setup 3.5.5.5 - Win7 (32-bit).exe лежит "его вылеченный" PrPlus.exe.